Die Leybucht wurde im Sommer 1959 biologisch-bodenkundlich untersucht, um den jetzigen Zustand und die Entwicklungstendenz des Wattes kennen zu lernen. Folgerungen für die Praxis sollten daraus abgeleitet werden. Auf dem Watt wurden 429 Untersuchungsstationen eingemessen. Insgesamt wurden über 4000 quantitative Messungen, Untersuchungen und Analysen vorgenommen. Sie betrafen hauptsächlich: Menge und Zusammensetzung der Flora und Fauna, Menge und Zusammensetzung der Sinkstoffe, Chemismus und Korngrößen des Sedimentes, Salzgehaltsbestimmungen und Verlandungsuntersuchungen. Schließlich werden die Untersuchungsergebnisse in ihrer Bedeutung für die Praxis ausgelegt und eine Stellungnahme zur Eindeichung und der späteren Nutzung der Leybucht abgegeben. Sämtliche untersuchten Faktoren deuten auf eine Stabilisierung und Aufhöhung der Watten hin.
An sieben Stationen wurden Strandschnecken (Littorina littorea) bei Niedrigwasser gesammelt. Sechs der Stationen werden im Rahmen des Bund-Länder-Messprogramms (BLMP) untersucht. Zusätzlich zu diesen BLMP-Standorten wurde die Untersuchung des Intersex-Index (ISI) 2008 an einer weiteren Station durchgeführt: Dornumer-Accumersiel Hafen. Die Stationen Borkum Port Henry und Norddeich Osthafen, die zuvor ebenfalls zusätzlich beprobt wurden, werden seit 2008 nicht mehr untersucht. Die Littorinen wurden entsprechend der OSPAR-Richtlinien untersucht. Entsprechend dem Klassifikationssystem für biologische Effekte der EU-Wasserrahmenrichtlinie werden auf der Basis des bei der Strandschnecke ermittelten ISI fünf ökologische Zustandsklassen beschrieben. Im Bericht sind die genauen Ergebnisse zu lesen.“
„An 5 der 9 Stationen wurden 2006 niedrige Werte des Intersex-Index und der Intersex-Inzidenz festgestellt: Borkum Port Henry, Norderney Seglerhafen, Wilhelmshaven Nassauhafen, Jadebusen Eckwarderhörne und Wurster Küste – Meyers Leegde. Entsprechend des Klassifikationssystems der EU-Wasserrahmenrichtlinie sind diese Standorte in die Klasse 2 (Population in guten Zustand) bzw. in Klasse 1 (Population in sehr gutem Zustand; Wilhelmshaven Nassauhafen) einzustufen. An 4 Stationen wurden höhere Intersex-Indices zwischen 0,33 und 0.38 und auch höhere Intersex-Innzidenzen über 25% gemessen: Norddeich Osthafen, Norderney Lütetsburger Plate, Dornumer-Accumersiel Hafen, Spiekeroog Janssand. Die Populationen an diesen Stationen sind in mäßigen Zustand. Wie bereits im Jahr 2005 auch 2006 wurden mehrere Phänomene beobachtet, die auf eine Einwirkung von endokrin wirksamen, verweiblichenden Substanzen schließen: fokal verdickte oder untypisch geformte Eiweiß- und Kapseldrüsen bei weiblichen Tieren, Samenleiter mit reduzierter Windungshäufigkeit sowie Reduzierung der Anzahl und Ausprägung der Penisdrüsen bei den männlichen Tieren.“
„Im Gebiet der Leybucht gingen durch die Maßnahme „Küstenschutz Leybucht“ rd. 740 ha marin beeinflusster Lebensräume – Wattflächen, Vorland und Sommerpolderflächen – verloren bzw. wurden neuen, anderen Funktionen zugeführt. Als Kompensation für den Flächen- bzw. Funktionsverlust wurde u. a. die Öffnung des Sommerdeiches in der Hauner Hooge planfestgestellt. Die Öffnung erfolgte im Oktober 1994 mit dme Ziel, die Wertigkeit der Flächen für den Naturschutz durch die Gewährleistung des natürlichen Salzwassereinflusses in allen Bereichen der ehemaligen Polderfläche zu erhöhen. Es sollen sich nutzungsfreie, störungsarme und naturnahe Salzwiesen und Prielstrukturen entwickeln. Bezogen auf Leyhörn steht hier die natürliche Dynamik noch stärker als bei anderen Biotopen in der Landschaftsentwicklung im Vordergrund. Im Jahr 1998 wurde von der Forschungsstelle Küste des NLÖ eine Vegetationskartierung der Kompensationsflächen der Hauener Hooge im Maßstab 1:2.500 durchgeführt. Sie wird hier dargestellt und mit der Kartierung von 1995 verglichen (siehe ARENS 1997). Weiter sind hier die Ergebnisse aus dem jährlich von 1995 bis 1999 erfassten vegetationskundlichen Dauerflächen dargestellt.
„An 7 der 9 Stationen wurden 2007 niedrige Werte des Intersex-Index und der Intersex-Inzidenz festgestellt: Borkum Port Henry, Norddeich, Norderney Lütetsburger Plate, Spiekeroog Janssand, Wilhelmshaven Nassauhafen, Jadebusen Eckwarderhörne und Wurster Küste – Meyers Leegde. Entsprechend des Klassifikationssystems der EU-Wasserrahmenrichtlinie sind diese Standorte in die Klasse 2 (Population in guten Zustand) bzw. in Klasse 1 (Population in sehr gutem Zustand; Station Wurster Küste – Meyers Leegde) einzustufen. An 2 Stationen wurden höhere Intersex-Indices zwischen 0,43 und 0,55 sowie höhere Intersex-Inzidenzen über 25% gemessen: Norderney Hafen und Dorumer-Accumersiel Hafen. Die Populationen an diesen Stationen sind in mäßigem Zustand. Als Ursache kommt eine vorübergehende Remobilisierung von TBT durch Sedimentumlagerungen in Betracht. Wie bereits in den Jahren 2005 und 2006 wurden mehrere Phänomene beobachtet, die eine Einwirkung von endokrin wirksamen, verweiblichenden Substanzen vermuten lassen: Distal vergrößerte oder untypisch geformte Eiweiß- und Kapseldrüsen bei weiblichen Tieren, Samenleiter mit reduzierter Windungshäufigkeit sowie Reduzierung der Penislänge bei den männlichen Tieren.“
An der ostfriesischen Wattenmeerküste musste in den letzten Jahren ein gravierender Bestandsrückgang der Miesmuschel (Mytilus edulis) festgestellt werden. Von 1975 bis 1991 reduzierte sich der Bestand um bis zu 50% […]. Trotz starken Brutfalls (1991) kam es zu frühzeiigen Absterben der jungen Miesmuscheln, so dass die Bestände nicht wiederhergestellt werden konnten. Als Ursachen für ds beobachtete Absterben der Muscheln werden zurzeit unterschiedliche Möglichkeiten diskutiert. In Betracht gezogen werden Parasitenbefall, Schadstoffeinflüsse, Algenblüteneffekte, Einflüsse extremer Klimaverhältnisse, Bestandsüberfischung und erhöhter Fraßdruck durch Strandkrabben und Seevögel. Die vorliegende Studie sollte ein Betrag zur Klärung der Ursachen liefern. Aus einer Fülle möglicher Faktoren wurde die Gruppe der Zinnorganyle ausgewählt, deren Akkumulation in den Muscheln und ihre möglichen histopathologischen Effekte schwerpunktmäßig bearbeitet werden. […] Es wurden 170 Miesmuscheln (Mytilus edulis) von den Stationen Norddeich, Norderneyer Watt, Dornumersiel, Spiekeroog Janssand und Gröninger Plate, Hooksiel und Jadebusen an der ostfriesischen Küste untersucht. Davon wurden 80 Muscheln für die histopathologische Bewertung herangezogen. […] Die TBT-Analytik zeigte, dass die untersuchten Muscheln Rückstände im Weichkörper aufwiesen, die, verglichen mit internationalen Untersuchungen, im mittleren Bereich lagen. Junge Muscheln aus Dornumersiel wiesen die höchsten Werte auf. Es ergaben sich bisher keine Anzeichen für eine positive Korrelation zwischen der TBT-Akkumulation in den Miesmuscheln und den beobachteten Phänomenen, insbesondere den Bysussatrophien.
„Im Rahmen des Teilprojektes „Ökologische Wertigkeit in Salzwiesen – Wirbellosenfauna“ wurden die zwischen 1989 und 1999 erhobenen Daten zur Wiederbesiedlung von Püttflächen durch Vertreter der benthischen und terrestrischen Wirbellosenfauna in verschiedenen Salzwiesengebieten im Jadebusen und Elisabeth-Außengroden ausgewertet. In 10 Pütten, die sich bezüglich Lage oder Alter unterscheiden, wurden über einen Zeitraum von bis zu 8 Jahren Erhebungen durchgeführt. Um die Besiedlung der Pütten in einen Vergleichsrahmen stellen zu können, wurden 9 gemähte oder ungenutzte Vergleichsflächen in alten Salzwiesen über bis zu 7 Jahre untersucht, daneben wurden über kürzere Zeiträume zum Teil weitere Salzwiesengebiete im Jadebusen miteinbezogen. […] Insgesamt wird aus den zusammengestellten Untersuchungsergebnissen deutlich, dass nach einer Kleientnahme im Außendeichsbereich die betroffene Fläche zunächst ihre vorherigen ökologischen Funktionen als Lebensraum für Pflanzen und Tiere der Salzwiesen für die Dauer einiger Jahre verliert und an ihre Stelle andere Funktionen treten. Im Zuge der weiteren Entwicklung der Pütte bildet sich dann allerdings ein naturnahes und vielgestaltiges Gewässersystem und Bodenrelief aus, das eine vielfältige Biotopstruktur mit unterschiedlichen Kleinhabitaten bedingt. Die Pütten höheren Alters, in der sich verschiedene Salzwiesenzonen bis hin zur oberen Salzwiese wieder ausgebildet haben, werden vom typischen Wirbellosen-Artenspektrum ungenutzter Salzwiesen wieder als gleichwertige Lebensräume angenommen. Dies umfasst die benthische Fauna in Prielen und Schlenken sowie die terrestrische Arthropodenfauna der unteren und oberen Salzwiese bis hin zu Faunenelementen des Binnenlandes. Die Gesamtdichte liegt – wohl aufgrund der vielfältigen Habitatstruktur – oft über der in den ungenutzten, nicht ausgepütteten Nachbarflächen.“
„Zusammenfassung aller Teilberichte: Durch die vorliegenden Ergebnisse können die Besiedlungsabläufe in Kleipütten heute in ihren Grundzügen beschrieben werden. Es zeigt sich aber auch, dass die Sukzession in Pütten oft gebietsspezifisch verläuft und Ergebnisse aus einem Untersuchungsgebiet daher nicht pauschal auf andere Gebiete übertragbar sind. Die Daten zur Püttenentwicklung wurden im Jadebusen und Elisabeth-Außengroden gewonnen, zwei Küstengebieten, die innerhalb Niedersachsens die höchsten Anteile von Kleientnahmestellen aufweisen, im Mittel rd. 12% der Außendeichsfläche. Die Erhebungen wurden über bis zu 10 Jahre in z. T. verschiedenen alten Pütten durchgeführt, so dass Daten aus einem Zeitraum von nahezu 40 Jahren nach einer Entnahme vorliegen. Zudem wurden gleich alte Pütten in verschiedenen Gebieten untersucht, da bereits innerhalb eines relativ kleinen Gebietes deutliche Differenzen in der Entwicklung von Kleientnahmen auftreten können, z. B. im westlichen Jadebusen eine Zunahme der Verlandungsdauer von Nord nach Süd. Im Folgenden werden die Ergebnisse aus den einzelnen Teilberichten zur Bodenkunde, Vegetation, Wirbellosen- und Avifauna sowie dem Püttenverzeichnis im Gesamtzusammenhang dargestellt. Dabei wird zunächst die allgemeine Püttenentwicklung von der Wattanbindung bis zum Stadium des unteren Andelrasens (ca. 10 Jahre) sowie die langfristige Püttenentwicklung und Ausdifferenzierung von der unteren bis zur oberen Salzwiese (bis zu einem Alter von rd. 30 Jahren nach Wattanbindung) beschrieben. Im Weiteren werden dann die Auswirkungen der räumlichen Lage auf die Püttenentwicklung verdeutlicht und die Unterschiede zwischen Pütten und umliegenden Salzwiesen umrissen. Details zu Ergebnissen oder zur Methodik sind den jeweiligen Teilberichten zu entnehmen und sollen hier nicht im Einzelnen wiederholt werden.“
„Im Rahmen des Teilprojektes „Ökologische Wertigkeit bestehender Kleientnahmen – Avifauna“ wurde die Wiederinanspruchnahme von Püttflächen durch Brutvögel in verschiedenen Salzwiesengebieten im Jadebusen und Elisabeth-Außengroden untersucht. In 8 Pütten, die sich bezüglich Lage oder Alter unterscheiden, wurden über einen Zeitraum von 10 Jahren Brutvogelkartierungen durchgeführt. Um die Besiedlung der Pütten in einen Vergleichsrahmen stellen zu können, wurden 9 gemähte oder ungenutzte Vergleichsflächen in alten Salzwiesen über 5-10 Jahre untersucht, daneben wurden über kürzere Zeiträume zum Teil großflächige Salzwiesengebiete im Jadebusen kartiert. Durch die vorliegenden Ergebnisse können die langfristigen Besiedlungsabläufe in Kleipütten heute in ihren Grundzügen beschrieben werden. Es zeigt sich aber auch, dass die Sukzession in Pütten oft gebietsspezifisch verläuft und Ergebnisse aus einem Untersuchungsgebiet daher nicht pauschal auf andere Gebiete übertragbar sind. […] Insgesamt wird aus den zusammengestellten Untersuchungsergebnissen deutlich, dass nach einer Kleientnahme im Außendeichsbereich die betroffene Fläche zunächst ihre vorherigen ökologischen Funktionen als Lebensraum von Pflanzen und Tieren der Salzwiesen für die Dauer einiger Jahre verliert und an ihre Stelle andere Funktionen treten. Im Zug der weiteren Entwicklung der Pütte bildet sich dann allerdings ein naturnahes und vielgestaltiges Gewässersystem und Bodenrelief aus, das eine vielfältige Biotopstruktur mit unterschiedlichen Bruthabitaten bedingt. Die Pütten höheren Alters, in der sich verschiedene Salzwiesenzonen bis hin zur oberen Salzwiese wieder ausgebildet haben, werden vom typischen Brutvogel-Artenspektrum ungenutzter Salzwiesen überwiegend wieder in gleichem oder höherem Maße als Bruthabitate angenommen wie die umliegenden Flächen.“
„Der Gesamtbestand der Seegräser im Eulitoral der niedersächsischen Küste scheint sich nach einem Tiefstand in den Jahren 1993/94 auf niedrigem Niveau stabilisiert, der des Zwergseegrases Zostera noltii sogar leicht erholt zu haben. Im Verlauf der diesjährigen Untersuchung wurden bei Kartierungen durch Begehen der Wattflächen 7,47 km²Zostera-Bestand eingemessen, den Hund-/Paapsand in der Emsmündung ausgenommen. Durch zusätzliche Flugbeobachtungen, die teils vor Ort abgesichert wurden, ergibt sich ein aktuelles Seegrasvorkommen mit einer Ausdehnung von insgesamt 11,04 km². In den Jahren 1993/94 ermittelten Kastler & Michaelis (1997) für dasselbe Gebiet einen Gesamtbestand von 6,98 km2 Fläche. Der Zostera marina-Bestand auf dem Hund-/Paapsand wird auf zusätzlich etwa 1,38 km² geschätzt. Gebietsweise Zunahmen der Bestände von Zostera noltii betreffen vor allem den festlandnahen Gürtel zwischen Norddeich und Neßmersiel, die Itzendorfplate südlich Juist, den Jadebusen und das Wangerooger Watt. Verluste von Zostera noltii-Flächen sind nach den Ergebnissen der Befliegungen auf dem Langlütjensand in der Wesermündungzu verzeichnen. Das Hauptvorkommen von Zostera noltii konzentriert sich mit 5,81 km² nach wie vor im Jadebusen und ist gegenüber 1993/94 um 2,28 km² angewachsen. Der Bestand von Zostera marina im niedersächsischen Wattenmeer erwies sich als rückläufig: Abgesehen von der Wiese auf dem Hund-/Paapsand wurde im gesamten Untersuchungsgebiet kein geschlossener Bestand mehr angetroffen, während1993/94 hauptsächlich auf dem südlichen Randzel bei Borkum und im östlichen Jadebusen noch 1,08 km² reines Zostera marina-Vorkommen und 0,58 km² Mischbestand nachgewiesen wurden.“