Die oberflächliche Sedimentschicht innerhalb der mesohalinen Brackwasserzone der Ems wurde nach Probenserien, die in den Monaten Mai 1952, August 1952 und Januar 1953 auf der Strecke zwischen dem Ostriesischen Gatje und Hilkenborg bei Weener entnommen sind, auf Grund der darin gefundenen dominierenden Nematodenarten mit begrenzter ökologischer Valenz zoniert. Die mittlere untere Grenze des mesohalinen Brackwasserkörpers in Bodennähe konnte nicht einwandfrei mit der Methode erfasst werden. Der bodennahe Schwerpunkt der Brackwasserzone liegt im Sommer östlich des Emdener Außenhafens. Er verlagert sich im Winter in den Bereich östlich der Knock. Die mittlere obere Grenze des mesohalinen Brackwasserkörpers in Bodennähe befindet sich etwa in der Höhe von Leerort. Weiter stromaufwärts besitzt das Flussbett einen zunehmenden oligohalinen Charakter.
„Die Maßnahme „Küstenschutz Leybucht“, die seit 1985 vom StAWA Aurich (heute NLWK Betriebsstelle Aurich) betrieben wird, umfasst unter anderem den Bau einer sturmflutsicheren Deichnase (Leyhörn) mit Siel, Schleuse und Speicherbecken, die sich aus der Leybucht heraus nach Nordwesten erstreckt. Im Zuge der Maßnahme wurden rd. 740 ha Watt-, Salzwiesen- und Sommerpolderflächen eingedeicht, überbaut oder anderweitig ihrer vorherigen Funktion entzogen. Als Kompensation sieht der Planfeststellungsbeschluss […] verschiedene Maßnahmen zur Aufwertung des Naturschutzes in der Leybucht vor; unter anderem wurde Leyhörn 1994 durch die Bezirksregierung Weser-Ems als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Nach der ersten Phase der Beweissicherung von 1989 – 1997 wurde das NLÖ – Forschungsstelle Küste 1997 von der Bezirksregierung Weser-Ems beauftragt, diese mit einer zweiten Untersuchungsphase bis zunächst 2000 fortzuführen. Diese umfasst u. a. Untersuchungen zur terrestrischen Wirbellosenfauna im NSG Leyhörn, deren erste Ergebnisse in diesem Dienstbericht vorgestellt werden.“
Die Watten und Rinnen im Einzugsgebiet der Otzumer Balje, des Seegats zwischen Langeoog und Spiekeroog, sind Schwerpunktgebiet des Programms "Ökosystemforschung Niedersächsisches Wattenmeer". Die nach West und Ost angrenzenden Bereiche bis Norderney und Mellum sind sogenannte „Nebenforschungsräume“. Im Rahmen der Vorphase wurde für diesen Abschnitt des Wattenmeeres (Norderney bis Mellum) eine Dokumentation aller verfügbaren publizierten und unveröffentlichten Benthosuntersuchungen erstellt. Die Ergebnisse wurden gesichtet, die Methoden kritisch bewertet, Forschungsdefizite herausgestellt und Empfehlungen für fortgesetzte Phasen der Ökosystemforschung sowie für ein küstenweites Benthosmonitoring wurden formuliert. Das Makrozoobenthos der Wattflächen erwies sich als die mit Abstand bevorzugt untersuchte Organismengruppe, über deren räumliche und zeitliche Verteilung umfangreiche Kenntnisse vorliegen. Ein beträchtlicher Mangel an Daten und Kenntnissen besteht dagegen im Hinblick auf sublitorales Makrobenthos sowie eulitorales Mikrophytobenthos und Meiozoobenthos.
„Am 22. Dezember 2000 ist die EG – Wasserrahmenrichtlinie in Kraft getreten. Diese Richtlinie legt in Artikel 5, Absatz 1 fest, dass die Mitgliedsstaaten bis spätestens 4 Jahre nach in Kraft treten dafür sorgen, dass für die Flussgebietseinheit eine Analyse ihrer Merkmale und eine Überprüfung der Auswirkung menschlicher Tätigkeiten auf den Zustand der Oberflächengewässer und des Grundwassers abgeschlossen wird. Ebenfalls muss eine wirtschaftliche Analyse der Wassernutzung durchgeführt sein. Die Bestandsaufnahme muss gemäß Artikel 15 der EG - WRRL spätestens bis zum 22. März 2005 an die Europäische Kommission übermittelt werden. Die deutsch-niederländische Arbeitsgruppe Gewässergüte (Unterausschuss „G Ems-Dollart“ der Grenzgewässerkommission) legt in diesem Zusammenhang mit dem vorliegenden Bericht die Umsetzung dieser Verpflichtung für das Ems-DollartÄstuargebiet vor. Dabei ist nur das Oberflächengewässer berücksichtigt, da das Grundwasser im Ems-Dollartbereich für die Ökologie als nicht relevant eingeschätzt wird. Während der Erstellung des Berichtes ist deutlich geworden, dass für eine umfassende Beurteilung des Bearbeitungsgebietes zurzeit noch viele Kenntnislücken bestehen. Dieser Bericht stellt dennoch eine eindeutige Beschreibung der Problematik der Oberflächengewässer im Ems-Dollart-Ästuar dar. […]“
Die vorliegende Arbeit fasst die Ergebnisse aus den Jahren 1967 bis 1972 zusammen. Nur durch gleichzeitige Vornahme chemischer, biologischer und bakteriologischer Untersuchungen kann der Verschmutzungsgrad eines Gewässers hinreichend genau erfasst werden. Nachdem im vorausgehenden Bericht (ZIETZ 1975) nur chemische Parameter der Weser, Lesum und Wümme betrachtet wurden, soll hier über bakteriologische Untersuchungen in den genannten Flüssen berichtet werden. Die bakteriologische Beurteilung der Oberflächengewässer ist deshalb von großem Interesse, weil die Gewässer für die Fischzucht, zu Badezwecken, für den Wassersport und zur Trinkwassergewinnung Verwendung finden. […] Aus den bakteriologischen Werten ergibt sich, dass keine kontinuierliche Verschlechterung der Gewässergüte ab 1965 eingetreten ist. Vielmehr wechselten günstiger und etwas ungünstigere Jahre. Ein Rückgang der organischen Belastung flussaufwärts von Bremen ist in den nächsten Jahren zu erwarten, sobald die Planungen für die Erweiterung der kommunalen Kläranlagen von Bremen und Delmenhorst realisiert sein werden. Eine ähnliche Entwicklung wird in der Lesum eintreten, nachdem Ende 1973 für Bremen-Nord eine neue Kläranlage in Betrieb genommen wurde.
