Im niedersächsischen Wattenmeer lassen sich eine Reihe von Beobachtungen machen, die auf eine starke anthropogene Belastung des Ökosystems schließen lassen: Schadstoffkonzentrationen im Sediment und in Biota, die als ökotoxikologisch problematisch gelten; starker Bestandsrückgang der Miesmuschel; Tributylzinn-verursachte sexuelle Veränderungen bei Schnecken; Jahre mit sehr hohen Frühjahrsblüten des Kleinstflagellaten Phaeocystis; Jahre, in denen der Wattenmeerboden mit großflächigen Grünalgenbelägen zuwächst; extremer Rückgang des Seegrasbestandes. Z. T. ist es allerdings schwer, die Folgen extremer meteorologischer Ereignisse von anthropogenen Einflüssen zu trennen. Doch lässt sich anhand der Auswirkungen extremer Witterungsbedingungen zeigen, welche Konsequenzen Schädigungen einzelner Ökosystemkomponenten auf andere Elemente der Lebensgemeinschaft im Wattenmeer haben können. Ähnliches dürfte für anthropogen bedingte Störungen gelten. Einige Kausalitäten zwischen Belastungsfaktoren (meteorologisch wie anthropogen) und Veränderungen im Ökosystem lassen sich zeigen, für andere fehlt bisher der Nachweis. In the Wadden Sea of Lower Saxonia (Niedersachsen) there are numerous observations, which suggest a strong anthropogenic impact to the ecotoxicological relevance; considerable decrease of the standing stock of Blue mussels; alterations to the sexual organs of snails caused by Tributyltin; years with exceptional spring blooms of the nanoflagellate Phaeocystis; vegetation periods, during them, the greenalgae grow to extensive and thick layers; extreme decrease of the occurrence of eelgrass. To some extent however it is difficult to distinguish between strong meteorological events and anthropogenic influences. The effects of extreme weather conditions are nevertheless good examples for the consequences, the damage of one component of the ecosystem causes to other elements of the Wadden Sea community. Some causalities between stress factors (meteorological as well as anthropogenic) and changes in the ecosystem can be identified, but there are also impacts without demonstrable consequences.

„Es ist ausgeschlossen, in einer routinemäßigen Überwachung alle Komponenten der unbelebten und belebten Umwelt sowie alle zivilisatorischen Einflussfaktoren mit Dauermessungen unter Kontrolle zu halten. Gerade im letzten Jahrzehnt häuften sich die Fälle, dass ökologische Veränderungen unerwartet in den nicht routinemäßig messend beobachteten Ökosystemkomponenten auftraten. […] Die Sonderuntersuchungen sind Bestandteil der „Überwachung der niedersächsischen Küstengewässer“; die Ergebnisse werden in das Bund/Länder-Messprogramm und zukünfitg auch in das TMAP eingebracht. Die hier mitgeteilten Ergebnisse ergänzen die im Dienstbericht 26/1995 mitgeteilten Ergebnisse von Routineuntersuchungen zur Überwachung der niedersächsischen Küstengewässer für das Jahr 1994. Folgende Sonderuntersuchungen wurden im Jahr 1994 durchgeführt: Sedimentuntersuchungen: Monitoring anoxischer Sedimentoberflächen im Norderneyer Wattgebiet (als Diplomarbeit THIESSEN 1992); Schadstoffe in Organismen: Schwermetallmonitoring in ausgewählten Wattorganismen; Schadstoffe in Organismen: Belastung der Klaffmuschel (Mya arenaria mit Schwermetallen); Schadstoffe in Organismen: Belastung von Miesmuschel der niedersächsische Küstengewässer mit persistenten chlororganischen Problemstoffen; Schadstoffe in Organismen: Zur Organozinn-Belastung und Histopathologie von Miesmuscheln (Mytilus edulis) der niedersächsischen Küste; Schadstoffe in Organismen: Untersuchung von Strandschnecken (Littorina littorea) auf Organozinn-Verbindungen und andere Schadstoffe; Biologisches Bestandsmonitoring: Sommerliche Massenauftreten benthischer Grünalgen; Biologisches Bestandsmonitoring: Kartierung der Seegrasbestände; Biologisches Bestandsmonitoring: Kartierung des Miesmuschelbestandes im Frühjahr 1994; Biologisches Bestandsmonitoring: Aufwuchsgemeinschaften künstlicher Hartsubstrate – ein Vergleich mit früheren Erhebungen; Biologisches Bestandsmonitoring: Das Verschwinden der Wellhornschnecke (Buccinum undatum) als Folge von Imposex;“

Im Jahre 1968 wurden in der Wesermündung Substrate und Makrobenthos der Watten und der Flusssohle kartiert und in der Stromrinne Chlorid- und Sestongehalte des Wassers gemessen. Die tideabhängigen und jahreszeitlichen Schwankungen des Cl-Gehaltes sind außerordentlich groß und kennzeichnen die Wesermündung als ausgesprochen poikilohalines Gewässer. Die Substrate der Flusssohle sind sehr verschiedenartig (Schlamm bis Geröll) und regellos verteilt. Sie weisen eine äußerst spärliche und streckenweise gar keine Besiedlung auf. Die Sedimente der Watten sind zoniert von Weichböden im inneren Mündungstrichter bis zu reinen Feinsanden an der Seeseite und entlang der Stromrinne. Die Vegetation der freien Watten ist ärmlich. Im mesohalinen Abschnitt (nach Mittelwerten) verhindert Massenentwicklung von Nereis und Corophium eine Entfaltung der Bodendiatomeen. Bedeutsamer sind Vaucheria-Arten, die einen mehrere Kilometer langen Filz bilden. Das meiste pflanzliche Material liefert ein dichter, die Watten einrahmender Röhrichtgürtel. Die Makrofauna der Watten umfasst 26 marine, 13 brackische, 1 limnische und 6 sonstige Arten. Die Mehrheit der marinen Arten zeigt im Ästuar ein abweichendes Verhalten gegenüber dem Substrat: Entweder Ausbreitung über alle Bodenarten (Biotoperweiterung) oder Wechsel auf eine andere, z.B. von Weich- auf Sandboden (Biotopwechsel). Nach dieser Erscheinung zuurteilen, ist die Bindung vieler Bodentiere an Böden bestimmter Korngrößen nicht so eng wie häufig angenommen wird. Auffallend ist die Geschlossenheit der Verbreitung von den meisten marinen Arten und von Limnodrilus, wogegen die Habitate der spezifischen Brackwasserarten lückenhaft besetzt und an den Grenzen aufgelöst sind. Die Artenzahl nimmt von See her ab, nicht so stetig verändern sich Individuenzahl und Biomasse. Für letztere liegen die Werte wesentlich unter den von marinen Watten bekannten. Eine fortschreitende Verarmung an ernährungsökologischen Typen erreicht ihr Extrem im Siedlungsbereich der spezifischen Brackwasserformen (vorherrschend Oligochaeten). Gerade hier im Zentrum der Trübungswolke fehlen Suspensionsfresser, und Substrat- und Epistratfresser sind die allein vorhandenen Gruppen. Kontrolluntersuchungen im Jahre 1973 ergaben örtlich begrenzte Schädigungen der Bodenfauna. Sie weisen auf eine Milieuverschlechterung in der Wesermündung durch die Abwässer chemischer Industrien hin.

Von 1989 bis 1991 wurde eine Bestandsaufnahme der Miesmuschelbänke an der niedersächsischen Küste durchgeführt. Die quantitative Erfassung basierte auf Flugzeugerkundungen, Luftbildanalysen, umfassenden "ground truth" Untersuchungen und Beprobungen von 30 ausgewählten Muschelbänken. Im Gebiet wurden 137 Muschelbänke mit einer Gesamtfläche von 27 qkm vorgefunden. Verglichen mit einer Untersuchung aus dem Jahre 1975 ist ein Bestandsrückgang von 50% erfolgt. Auch die niedrigen Biomassewerte in den verbliebenen Bänken zeigten an, dass der Bestand in einer schlechten Verfassung war. Die Gesamtbiomasse in der untersuchten Region belief sich auf 47 000 t Frischgewicht. Die Gründe für den Rückgang der Miesmuschelbestände müssen noch analysiert werden.

„Im Jahr 1985 begann das StAWA Aurich (nachfolgend NLWK Betriebsstelle Aurich) mit der Maßnahme „Küstenschutz Leybucht“. Im Rahmen dieser Maßnahme wurde im Bereich der Leybucht eine nach Nordwesten bis zum tiefen Wasser (Norderley) vorstoßende, sturmflutsichere Deichnase (Leyhörn) mit Sielbauwerk, Schleuse und Speicherbecken errichtet. Mit dem Bau von Leyhörn sowie den weiteren Maßnahmen zum „Küstenschutz Leybucht“ wurden insgesamt rd. 740 ha Sommerpolder-, Salzwiesen- und Wattflächen überbaut oder anderweitig ihrer bisherigen Funktion entzogen. Mit dem Planfeststellungsbeschluss von 1985 wurden Auflagen erlassen, die den Naturschutz im Leyhörn in den Vordergrund stellen. Dementsprechend wurden im Jahr 1994 Leyhörn und die südwestlich angrenzenden Kleientnahmen durch die Bezirksregierung Weser-Ems unter Naturschutz gestellt (NSG Leyhörn). Das NLÖ-Forschungsstelle Küste (NLÖ – FSK) wurde von der Bezirksregierung Weser-Ems […] beauftragt, die erste Phase der Beweissicherung (1989 bis 1997) mit einer zweiten Untersuchungsphase (1998 bis 2000) fortzusetzen. Diese umfasst u. a. eine Bestandsaufnahme von Flora und Vegetation des NSG Leyhörn (ohne Kleiabgrabungsflächen bei Hauen). Mit ihr befasst sich der Dienstbericht. Die Bestandsaufnahme wurde 1998 in Form einer flächendeckenden Vegetationskartierung im Maßstab 1:2.500 sowie einer Erfassung aller Pflanzenarten und der „Rote Liste-Arten“ durchgeführt. Zusätzlich erfolgten an repräsentativen Standorten bodenkundliche Erhebungen. Die Erhebungen wurden 1999 durch weitere Teiluntersuchungen ergänzt. Der Bericht stellt die gewonnenen Daten und Ergebnisse zusammen. […]“

„Die vorliegende Arbeit enthält eine Zusammenstellung bisher durchgeführter Untersuchungen über Vorkommen, Verbreitung und Bestandsentwicklung von Benthosorganismen im Schwerpunktsgebiet der Ökosystemforschung sowie in Nachbargebieten (Norderney, Mellum). Die Bestandsaufnahme bildet die Grundlage für zukünftige vergleichende Untersuchungen unterschiedlicher Disziplinen und sollte während der Laufzeit de Ökosystemforschungsprojektes fortgesetzt werden. […] Methode: Bei der Bestandsaufnahme wurden publizierte und nicht publizierte Ergebnisse von Benthoskartierungen erfasst. Soweit möglich, wurden die Originalprotokolle der Feldarbeiten ausgewertet, um viele ökologische Begleitparameter zu erfassen. […] Die Datenerfassung konzentriert sich auf das Schwerpunktgebiet der Ökosystemforschung, das Einzugsgebiet der Otzumer Balje (zwischen Langeoog und Spiekeroog); zusätzlich wurde auf Daten von den Nachbargebieten Mellum und den Norderneyer Inselwatt zurückgegriffen. Insgesamt wurden 34 Arbeiten über die Verbreitung und Bestandsentwicklung von Benthosorganismen (Mikrophyto-, Makrophyto-, Meio- und Makrozoobenthos) aus dem Zeitraum 1940 bis 1990 ausgewertet. […]“

Summary: In 1980 a survey of the intertidal bottom fauna was carried out in the upper reaches and the limnic tidal area of the Weser estuary between Bremerhaven and Bremen. The upper reaches are part of the natural estuarine brackish water zone. The limnic tidal area can no longer be regarded as a true fresh water habitat, because in recent years the entire course of the Weser has received a brackish character by wastes from potassium mining. From the 38 benthic animal species found, 16 species are oligochaetes, which also in quantitative respect are the most important group. A faunal break near Rodenkirchen, where the average chloride concentration is about 1 to 1,5 ‰, divides the area in a lower and an upper section. In the lower section the brackish water oligochaetes Tubifex costatus, Paranais litoralis and Peloscolex heterochaetus are the dominat species. The upper section (which includes the formerly limnic, but now briny area) is dominated by the limnic oligochaetes Limnodrilus hoffmeisteri and Tubifex tubifex, furthermore Paranais litoralis, Tubifex costatus and larvae oft the dipterous Ceratopogonidae are common and abundant. In the intertidal banks the following habitats can be distinguished: Reed beds; Mud flats; Mixed bottom; Sandy flats; Hard bottoms; Concerning the productivity of the investigation area the following conclusions may be drawn: In the upper reaches and the limnic tidal area of the Weser reed beds and mud flats are the only habitats where a considerable production of the benthic fauna takes places. The large sandy banks of the main river bed represent a habitat which is extremely poor or even uncolonized. Diskussion und Zusammenfassung: Im Jahre 1980 erfolgte eine Bestandsaufnahme der Bodenfauna in den Wattensäumen der Unterweser. Von der insgesamt 50 km langen Flußstrecke gehört ein unterer Teil (Bremerhaven – Brake) zum natürlichen Brackwasser, ein oberer, ebenfalls noch den Gezeiten unterworfener Teil (Brake – Bremen) war früher limnisch, ist gegenwärtig jedoch durch Abwässer der Kali-Industrie in ein schwaches Brackwasser verwnadlet. Von den 38 im Gebiet gefundenen Tierarten der Bodenfauna bilden die Oligochaeten mit 16 Arten die stärkste und auch in quantitativer Hinsicht bedeutendste Gruppe. Die Verbreitung der Tierarten lässt eine Häufung von Vorkommensgrenzen und Abundanzsprüngen bei Rodenkirchen, mittlerer Chloridgehalt 1 bis 1,5 ‰ erkennen. An dieser Stelle wurde die Unterweser in einen unteren und einen oberen Abschnitt gegliedert. Im unteren Abschnitt (natürliches Brackwasser mit seewärts steigender Konzentration) sind die Brackwasseroligochaeten Tubifex costatus, Paranais litoralis und Peloscolex heterochaetus die dominierenden Tierarten. Im oberen Abschnitt (teils schwach konzentriertes, natürliches Brackwasser, überwiegend ehemals limnisches, jetzt künstlich versalzenes Gebiet) herrschen die limnischen Oligochaeten Limnodrilus hoffmeisteri und Tubifex tubifex vor und Paranais litoralis, Tubifex costatus sowie Larven der Dipterenfamilie Ceratopogonidae sind weitere stetige und häufige Bodentiere. Die Ufer beider Abschnitte weisen folgende eulitorale Lebensräume auf: Riedbestände; Schlickböden; Mischböden; Sandböden; Sekundäre Hartböden; Aus produktionsbiologischer Sicht ist aus den Ergebnissen zu folgern: Riedbestände und Schlickwatten der Unterweser sind die einzigen Stätten, in denen eine nennenswerte Produktion der Bodenfauna stattfindet, da die Sandböden der Ufer des Hauptstromes schwach oder gar nicht besiedelt sind.

„Im Sommer 1980 wurden an vier Miniaturästuaren auf Borkum, Norderney und im Kreis Cuxhaven die Zusammensetzung und Verteilung der Bodenfauna – unter besonderer Berücksichtigung der genuinen Brackwasserarten – in Gezeitenzonen und Flachwasser untersucht. Siebauwerke verhindern weitgehend die Ausbildung von natürlichen Brackwasserzonen in den binnendeichs gelegenen Abschnitten. Diese sind ferner auf Borkum und Norderney durch Abwässer belastet, so dass sich keine reichere Fauna ausbilden kann. Es zeigt sich, dass die extrem poikilohalinen Bedingungen in den außendeichs gelegenen Abschnitten der Ästuare, die Mehrheit der zu erwartenden Arten anschließen. Selbst im unbelasteten Oxstedter Bach können von fünfzehn aus großen Ästuaren bekannten genuinen Brackwasserarten nur sechs existieren.“

In den Jahren 1952-1956 wurden im Bereich der ostfriesischen Küste, auf den Inseln, dem Watt und dem Festland eine größere Anzahl von Bohrungen niedergebracht. Um die Entstehungsgeschichte des Gebietes aufhellen zu können, soweit es durch die Vegetation möglich ist, und um das Alter der Transgression zu bestimmen, wurden im ganzen 13 Torfprofile mit je einem kleinen Stück im Liegenden und Hängenden botanisch untersucht. Nachfolgend sind die Ergebnisse zusammengefasst: Das Relief der pleistozänen Flugsanddecke im heutigen ostfriesischen Küstengebiet ist bereits vor dem Beginn des Postglazials geformt worden. Geringfügige Sandverwehungen haben bis zum Anfang des Atlantikums stattgefunden. Das zeigt, dass bis zu der Zeit die Vegetationsdecke stellenweise noch nicht geschlossen war. Auf den hoch liegenden Teilen dieser Flugsanddecke entstanden im Boreal feuchte Calluna-Heiden. Sie entwickelten sich weiter über verschiedene Stadien bis zu oligotrophem Sphagnumhochmoor. In den tiefer liegenden Gebieten kam es zur Ausbildung von topogenen Niederungsmooren und Bruchwäldern. Stellenweise entstanden Sphagneten von mesotrophem Gepräge. Als Grundlage für die pollenanalytische Gliederung diente das Standardprofil Tannenhausen. Die bekannten waldgeschichtlichen Zonen des Postglazoals wurden in den Diagrammen wieder gefunden und diejenigen vom Atlantikum bis zum Subatlantikum durch eine Anzahl von Leitlinien noch weiter unterteilt. Einige dieser Leitlinien und Zonengrenzen sind mittels der C14-Methode absolut eindatiert worden. Die verwertbaren Transgressionskontakte ließen sich im Hochmoor des Juister Wattes und westlich des Hilgenrieder Tals auf rund 200 v. Chr. datieren in den tief liegenden Tälern und Rinnen bereits auf den ersten Teil Atlantikums. Aus der Beschaffenheit der Transgressionskontakte aller überschlickter Torfprofile und der Einschwemmungshorizonte von minerogenem Sediment wurden Rückschlüsse auf den Verlauf der Transgression gezogen. Diese fand zunächst im Brackwasser statt, teilweise unter ruhigen Bedingungen, teilweise unter kräftiger Aufarbeitung. Erst viel später geriet das Gebiet in den marinen Bereich. Alter und Beschaffenheit der Transgressionskontakte zeigen, dass an mehreren Stellen Torf erodiert worden ist. Dadurch kann ein zu früher Beginn der Transgression vorgetäuscht werden. Deshalb ist es wichtig, nur sorgfältig ausgewählte, vollständige Profile zugrunde zu legen.

„Seit 1994 werden vom Niedersächsischen Landesamt für Ökologie (NLÖ) – Forschungsstelle Küste – physikalisch-chemische und biologische Untersuchungen zur Überwachung der niedersächsischen Küstengewässer nach einem mit dem Niedersächsischen Umweltministerium abgestimmten Konzept durchgeführt. […] Es beinhaltet auch wesentliche Monitoring-Grundkomponenten, die in das neue Bund/Länder-Meßprogramm (BLMP) und in das Trilaterale Wattenmeer-Monitoring-Programm (TMAP) einbezogen werden können. Damit wird das Land Niedersachsen auch den Verpflichtungen gerecht, die es aufgrund seiner Küstengewässer in dem auf nationaler Ebene organisierten Überwachungsprogramm (BLMP) sowie in den damit verflochtenen internationalen Monitoringprogammen (JAMP, TMAP) hat. Insbesondere die Integration einer Reihe von biologischen Untersuchungskomponenten in das Konzept ist gewährleistet, dass die Aussagekraft längerfristig erhalten bleibt und über die bisher gegebenen Möglichkeiten hinausgeht. […] Im Überwachungsbericht 1997 sind die Ergebnisse der folgenden Routineuntersuchungen von dem Jahr 1997 zusammengefasst: Wasseruntersuchungen: Nähr- und Schadstoffeinträge aus Ems, Weser und Elbe in die Deutsche Bucht; Wasseruntersuchungen: Nähr- und Schadstoffverteilung in dien Mündungen von Ems, Weser und Elbe; Wasseruntersuchungen: Sommerliche Nährstoffverteilung; Wasseruntersuchungen: Winterliche Nähr- und Schadstoffverteilung Wasseruntersuchungen: Daueruntersuchung zur Erfassung wasserchemischer Messgrößen; Sedimentuntersuchungen: Schadstoffe in Organismen (Schwermetalle und persistente organische Schadstoffe in Miesmuscheln und Plattfischen); Biologisches Bestandsmonitoring: Daueruntersuchung Phytoplankton; Biologisches Bestandsmonitoring: Informationssystem für Planktonblüten und toxische Algen; Biologisches Bestandsmonitoring: Daueruntersuchung eulitorales Makrozoobenthos: Wesermündung; Biologisches Bestandsmonitoring: Daueruntersuchung eulitorales Makrozoobenthos: Norderneyer Watt; Biologisches Bestandsmonitoring: Daueruntersuchung eulitorales Makrozoobenthos: Leybucht; Biologisches Bestandsmonitoring: Daueruntersuchung eulitorales Makrozoobenthos: Miesmuschelbank; Biologisches Bestandsmonitoring: Daueruntersuchung eulitorales Makroalgen: Niedersächsische Watten;“